Algumas empresas farmacêuticas usam biorreatores para cultivar determinadas células ou microrganismos necessários para certos tratamentos. O nível muito elevado de higiene exigido significa que os recipientes e todas as peças associadas devem ser fáceis de limpar completamente, porque mesmo a menor contaminação com outros organismos pode levar a uma produção interrompida. Estes reatores são principalmente alimentados em lotes, onde são completamente cheios no início e não esvaziados novamente até que o processo seja concluído. A pressão e o nível no reator têm de ser monitorizados continuamente durante o processo de forma a obter um rendimento de alta qualidade.